硬盤是工控機的主要存儲設備。硬盤由一個或多個鋁片或玻璃片組成。這些圓盤上覆蓋著鐵磁性材料。大多數硬盤都是固定硬盤，永久密封并固定在硬盤驅動器中。
工控機購買新硬盤后，必須先對其進行分區，然后使用格式對其進行格式化，以便將數據存儲在硬盤中。
（機械硬盤）
當需要從硬盤讀取文件時，首先將分區的bpb參數讀取到內存中，然后從目錄區讀取文件的目錄表。找到對應文件的第一個扇區和fat表的入口，然后從fat表中找到后面的扇區。該區域的相應鏈接，將硬盤的磁臂移動到相應的位置進行文件讀取，讀取文件結束時標上“FF”，表示文件結束，從而完成文件的讀寫操作。
當工控機需要保存文件時，操作系統第一步要在目錄區（directoryarea）中找到對應的空閑區寫入名稱、大小、創建時間等信息，然后在數據區中找到保存文件的空閑區，再將數據區的第一個集群寫入目錄區，完成填充脂肪桌。具體操作與文件讀取類似。
（機械和固態硬盤）
當工控機需要刪除文件時，操作系統只將目錄區中文件的第一個字符改為“e5”表示文件已被刪除，而且需要重寫引導扇區第二扇區中的相應信息，來表示分區占用的空間大小，數據區域中的文件信息尚未刪除。
在對工控機硬盤進行分區和格式化時，fdisk用于重建硬盤分區表，硬盤的格式化用于重建fat表，而不是直接從數據區域刪除數據。
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